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Souche locale ou pas ? L’alevinage en question.

truite fario

«Sans prétendre produire en pisciculture des sujets aussi rustiques que les sujets sauvages, fruit de la sélection naturelle, le problème de la rentabilité des repeuplements impose aux biologistes de rechercher et la cause exacte de la moindre rusticité des sujets d’élevages et les moyens d’y remédier» Richard Vibert,1958.

Les pratiques de repeuplement avec des poissons nés en pisciculture occupent une place très particulières au sein des diverses pratiques de gestion halieutique. Popularisé dès le milieu du XIXe siècle, l’alevinage a connu après-guerre un fort essor lié à l’amélioration des techniques et à la massification des méthodes de production. Il est étroitement lié à une culture de « l‘ingénierie de la nature » encore aujourd’hui très influente dans notre pays, et dont Richard Vibert fut l’un des protagonistes les plus actifs. Rares furent les fédérations de pêche à ne pas se doter de piscicultures et à ne pas massivement recourir aux déversements de poissons nés en captivité. Le principe semble assez simple : suppléer les carences de la nature en supplémentant le milieu avec des poissons d’élevage, déversés à différents stades de développement, de l’œuf au poisson adulte en passant par tous les stades intermédiaires. Ces pratiques constituent encore aujourd’hui, à travers notamment les déversements de truites adultes pour l’ouverture de la pêche, un des éléments les plus pittoresques de notre culture halieutique commune.

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Les alevinages, une pratique récemment remise en cause

Toutefois, de nombreuses critiques sont venues remettre en cause la légitimité de l’alevinage. L’efficacité tout d’abord. Coûteux et lourd à mettre en œuvre, l’alevinage n’a jamais permis de durablement pallier les dégradations de l’habitat et le recul constant des salmonidés dans notre pays. D’autre part, la «culture de l’ingénierie» est venue progressivement se confronter à une «culture de la conservation», où l’action de l’homme est davantage tournée vers la protection et la sauvegarde des milieux naturels. En résumé : prévenir plutôt que (mal) guérir. Les progrès de la génétique et les programmes de cartographie génétique de la truite à l’échelle de la France entière ont en effet à la fois montré la forte structuration spatiale des populations de truites en entités cohérentes (les fameuses « souches ») mais aussi la très faible empreinte génétique causée par les alevinages passés. La conservation de ce patrimoine génétique est alors devenu une préoccupation forte de nombreux gestionnaires qui se sont tournés vers une gestion qualifiée de « patrimoniale », un concept assez mal défini mais que l’on pourrait résumer par : faire cesser les pratiques de repeuplement susceptibles de perturber l’intégrité génétique des souches locales. Toutefois, face à la dégradation constante de l’habitat des salmonidés, un certain nombre de fédérations et d’associations de pêche ont eu l’idée de recourir à des alevinages produits à partir de géniteurs sauvages locaux, sorte de compromis entre une  «culture de l'ingénierie» et  une «culture de la conservation». Le principe sous-jacent est que la faible efficacité des alevinages passés reposait sur l’inadaptation des souches de truites de pisciculture déversées dans le milieu naturel (le manque de «rusticité» évoqué par R. Vibert dans la citation introductive de cet article). Avantage supplémentaire : on évitait tout phénomène de pollution génétique inhérente à l’utilisation de souches de pisciculture.

Dans cet article, en m’appuyant sur des travaux scientifiques récents, je vais expliquer pourquoi l’utilisation des souches locales pour l’alevinage ressemble fort à une vraie fausse bonne idée. Tout d’abord, nous allons aborder la question de la micro-structuration de la génétique des truites en France qui indique qu’il existe en réalité une multitude de souches de truites différentes à l’échelle d’un bassin versant donné. Ensuite, nous aborderons la question de l’adaptation des souches locales avec de toutes récentes données non pas sur la génétique mais sur l’épigénétique, l’autre facteur clé du processus d’adaptation des salmonidés à leurs environnements.

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Génétique de la truite : ce qui semble local ne l’est pas forcément !

 

Pendant longtemps, le modèle dominant, ce que les scientifiques appellent un paradigme, indiquait que les truites d’un même bassin versant effectuaient pour la reproduction des migrations plus ou moins importantes pour aller se reproduire dans les ruisseaux et affluents. Les juvéniles issus de ces amours faisant ensuite le chemin inverse. Ce modèle est aujourd’hui mis en doute sous les feux croisés d’une part des progrès des technologies de « tracking » qui permettent de pister les truites grâce à des puces électroniques implantées sous la peau et d’autre part, des avancées en matière de génétique fine des populations de truites. En effet, le pistage des truites sur de nombreux bassins versant a montré que les truites étaient beaucoup plus sédentaires que prévu. Si la reproduction occasionne des mouvements, ils sont souvent d’ampleur limitée. Le modèle de migration amont-aval (où rivière principale - affluents) n’est probablement pas universel, mais doit plutôt dépendre de divers facteurs environnementaux encore mal compris qui conditionnent l’existence de ces migrations. Ces éléments sont corroborés par des analyses génétiques menées à l’échelle des bassins versants entiers. Prenons l’exemple du Tarn et de ses affluents. Dans un récent travail mené sous l’égide de l’excellente fédération de pêche de l’Aveyron [1], une analyse à large échelle de la génétique des truites sur un grand nombre de sites différents a été menée. Les résultats sont surprenants. Il n’y pas 1 souche locale du Tarn et de ses affluents, mais une constellation de souches différentes qui ne semblent pas se mélanger. Au final, il y a pratiquement une souche locale par affluent, et probablement même plusieurs souches individualisées sur des affluents de grandes tailles comme la Dourbie. Nul doute que si ces analyses étaient étendues sur le haut bassin versant du Tarn en Lozère, on y découvrirait davantage encore de souches différenciées les unes des autres.

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Carte génétique des souches de truites présentes sur le bassin versant du Tarn dans l’Aveyron. Chaque couleur correspond à une population de truites génétiquement différenciée des autres.
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Ce cas de figure n’a de plus rien de particulier : sur le bassin versant de la Dordogne Lotoise, un travail commandité par la non moins excellente Fédération de pêche du Lot, conduit exactement au même cas de figure avec une micro-structuration très forte par affluent [2]. Dans le cas de la Dordogne Lotoise en elle-même, la population de truite correspond en réalité à un assemblage génétique hétérogène des différentes souches de truites provenant des affluents, à la manière d’un collecteur qui réceptionne les truites issues des différentes populations de truites des affluents.  

Ces données corroborent l’idée que les truites sont bien davantage sédentaires que migrantes, ce qui occasionne une structuration génétique fine des populations. Il n’y a donc pas une seule souche locale, mais de nombreuses souches locales. Les conséquences en termes d’alevinage avec des truites dites de souches locales sont immédiates : il faudrait une souche par affluent ! En effet, toutes tentatives d’aleviner l’affluent A à partir de géniteurs sauvages issus de l’affluent B conduirait inévitablement à polluer génétiquement la souche locale A.  Ces résultats laissent à penser que les populations de truites forment des structures en «poupée russe» où une multitude de souches locales s’imbrique les unes dans les autres à l’échelle d’un bassin versant donné. L’apparente unité cache en réalité une multitude de populations isolées génétiquement les unes des autres. Dans le cadre d’opération d’alevinage en souche locale, il faudrait donc élever en pisciculture une quantité astronomique de souches différentes avec toutes les contraintes et les inévitables erreurs de manipulation inhérentes à ce type d’aventure. En un mot, irréaliste.

En étant pragmatique, on peut toutefois penser que même si nos truites locales ne sont pas si locales, ce qui importe, c’est que les alevins déversés survivent et même éventuellement, rêvons un peu, puissent donner naissance à d’autres truites pas-si-locales-mais-bon-hein. Malheureusement, la vérité n’est pas peut être pas que dans les gènes non plus...

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Les truites sont bien davantage sédentaires que migrantes, ce qui occasionne une structuration génétique fine des populations. Il n’y a donc pas une seule souche locale, mais de nombreuses souches locales. Les conséquences en termes d’alevinage avec des truites dites de souches locales sont immédiates: il faudrait une souche par affluent !
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De la génétique a l’épigénétique...

 

Pour démarrer ce paragraphe, un peu de biologie s’impose : le code génétique est un gros dictionnaire composé de quatre lettres A, T, G et C. Il est divisé en une multitude de chapitres, les gènes. Ces gènes, support de l’information héréditaire, sont transmis de façon presque intacte d’une génération à l’autre. «Presque intacte» puisqu’en effet, de rares erreurs de recopiage des gènes (un G devenant un T par exemple), les fameuses mutations, introduisent de la diversité. L’ensemble de ces mutations forme une diversité génétique qui permet éventuellement aux espèces de s’adapter à telle ou telle variation de l’environnement. Ce paradigme, encore un, a été récemment discuté avec la découverte de l’épigénétique. Si le support de l’information épigénétique est aussi le gène, cette fois les mutations épigénétiques ne concernent pas le remplacement d’une lettre par une autre mais bien des modifications chimiques de certaines de ces lettres, par exemple pour les férus de chimie qui nous lisent, l’ajout de groupe chimique « méthyl » sur les bases C. Ces modifications ont de profonds impacts sur l’expression de ces gènes et ils sont héritables d’une génération à l’autre, du moins en partie, et sont responsables de nombreux cas d’adaptation locale, en particulier chez les plantes, chez qui l’épigénétique a été découverte en premier. Surtout, les épi-mutations, à la différence des mutations, ont une fréquence d’apparition très élevée. En une seule génération, de profondes différences peuvent advenir. Les mutations génétiques apparaissant lentement dans la population alors que les mutations épigénétiques sont rapides à intervenir, comme l'illustre la figure suivante.

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Représentation schématique des deux types d’hérédité de l’information : génétique et épigénétique.
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Qu’en est-il des salmonidés ? Les récents travaux du biologiste québécois Louis Bernatchez ont montré que des saumons d’élevage et des saumons sauvages pourtant identiques au niveau génétique, présentaient de profondes différences épigénétiques [3]. Ces différences épigénétiques survenues très rapidement pendant le processus d’élevage en pisciculture, sont très probablement une des causes majeures de la moindre adaptation des saumons d’élevage à la vie sauvage. Si les conséquences exactes de ces épi-mutations sur la biologie des poissons restent à caractériser, elles constituent aussi une sorte de douche froide à tous ceux qui pensent avoir trouver le Graal en matière d’alevinage avec l’utilisation de souche locale (ou du moins, souvenez-vous, de souche pas-si-locale-mais-bon-hein). Le fond génétique est peut être bon, mais hélas, une seule génération en bassin d’élevage a de forte chance de modifier sérieusement le fond épigénétique et de compromettre les chances d’acclimatation des alevins déversés en rivière. Dis autrement, il est fort probable que les meilleures souches locales possibles élevées en pisciculture souffrent des mêmes combinaisons épigénétiques défavorables que des truites issues de souches domestiquées. Beaucoup d’efforts pour pas grand-chose donc, de quoi sérieusement douter de l’intérêt de maintenir en pisciculture des géniteurs sauvages pour l’alevinage…

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Il est fort probable que les meilleures souches locales possible élevées en pisciculture souffrent des mêmes combinaisons épigénétiques défavorables que des truites issues de souches domestiquées. Beaucoup d’efforts pour pas grand chose donc, de quoi sérieusement douter de l’intérêt de maintenir en pisciculture des géniteurs sauvages pour l’alevinage…
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Conclusion

Nous avons vu dans cet article que la gestion des populations de truite en France évoluait vers la prise en compte de la conservation des souches locales. Cette évolution salutaire a mené un certain nombre de gestionnaires à opérer à des alevinages avec des poissons dont les géniteurs avaient été prélevés dans le milieu naturel. Pourtant, de récents travaux scientifiques viennent sérieusement questionner ces pratiques. En effet, les populations de truites sont structurées très finement dans l’espace, il n’y a pas une souche locale, mais une multitude de souches locales par bassin versant, organisées telles des poupées russes. Les risques de pollutions génétiques demeurent donc très importants. D’autre part, il est acquis que les alevins déversés, malgré l’origine sauvage des géniteurs, souffrent de combinaisons épigénétiques tout aussi défavorables que les alevins issus de souches de pisciculture. Ces éléments, pris ensemble, font sérieusement douter de l’intérêt d’utiliser des souches « locales », pas si locales en fait et non moins mal adaptées que leurs consœurs demeurées en pisciculture depuis des générations...

A propos de l'auteur

Pour Jonathan Filée, la passion de la pêche des salmonidés est arrivée sur le tard, la trentaine passée. Natif de la province du Hainaut en Belgique, il a grandit au…